印尼警方表示，万豪酒店地库于当地时间早上8时前首先爆炸。5分钟后，邻近的丽嘉酒店的餐厅爆炸。由于正值早餐时间，造成伤亡惨重。
有报道指，袭击怀疑是东南亚恐怖组织“祈祷团”所为。爆炸后现场冒出大量浓烟，大批住客跑出街外，不少人仍身穿浴袍。救护车随即将伤者分送4间医院救治，军警封锁现场及维持秩序。官员表示，两宗爆炸是高威力炸弹造成。目击者指，丽嘉两层高餐厅严重损毁，外墙被炸开一个大洞，落地玻璃炸得只剩钢架，对开街道遍布玻璃和墙壁碎片。万豪内部大量桌椅被炸毁，满地碎片。
爆炸后，酒店对开街道上满地血迹。当时在附近散步的亚历克斯在警方到场前进入万豪，他称：“地上都是尸体，其中一个的腹部被炸走，情况十分恐怖。”
目击者谢里夫表示，爆炸后看到3名外国人被送上救护车，“他们的面部、身体都是血迹，其中一人眼睛附近皮肤更已失去。”另有目击者表示，看到3至5名浑身浴血、重伤的外国人逃出酒店。
当时万豪大堂旁边一会议室正举行商界会议，与会者最少1死7伤，据报死者是水泥厂商Holcim印尼区总裁麦凯。会议由印尼著名顾问公司CastleAsia主办，有19名当地商界领袖参与。
在丽嘉工作的25岁新西兰人沃登，事发时正搭乘电梯到大堂餐厅准备进餐，他说：“电梯内有人说：‘我们得出去’，当电梯门打开，大堂已充满浓烟，所有人都疏散了。”一位陈姓华侨住在丽嘉附近，他表示，首先听到万豪发生爆炸巨响，约5分钟后，又听到一声巨响从丽嘉传来。
目击者指，万豪发生爆炸后，原本在丽嘉餐厅用膳的住客，纷纷走到街上观看。未几，餐厅随即爆炸，所有人都大吃一惊，幸好当时餐厅已没有太多人，令伤亡减少。
印尼国家警察首长表示，从现场线索及目击者供词分析，相信有两名“人弹”分别对两酒店发动袭击。
丽嘉的闭路电视影到一名怀疑，头戴棒球帽、背囊在胸前、提手提箱步入餐厅，不久后即发生爆炸。警方称，炸弹内藏大量铁钉、钢珠等，目的是尽量扩大伤亡。另外，在万豪爆炸现场发现一名头部断开的死者，怀疑是，警方将进行DNA检验以确定其身份。
报道指，多名在施袭前乔装成旅客，周三起入住万豪1808号房。爆炸后，警方在房内发现未引爆的炸弹，以及其他制造炸弹的材料，相信爆炸是由土制炸弹造成。当局未知订房者身份，亦未能证实怀疑施袭者曾否入住该房。
自2003年万豪酒店汽车自杀式炸弹袭击后，丽嘉及万豪随即加强保安措施。所有人无法开车进入酒店范围，酒店内亦设有金属探测器，并加建混凝土围墙防止再遭受袭击。
安理会和联合国秘书长潘基文17日分别发表声明，对印度尼西亚首都雅加达的两家酒店当天相继遭到炸弹袭击的事件予以强烈谴责。
安理会以最强烈的措辞谴责雅加达发生的事件，并对受害者及其家人以及印尼人民和政府表示深切的同情和慰问。
印尼近年来发生多起爆炸事件。2005年10月，印尼旅游胜地巴厘岛金巴兰海滩发生连环爆炸事件，造成20多人死亡，150多人受伤。2004年9月，位于雅加达市中心的澳大利亚驻印尼使馆门前发生一起自杀式炸弹袭击事件，造成至少11人丧生，180多人受伤。2003年8月，雅加达万豪酒店外发生爆炸事件，造成12人死亡，100多人受伤。2002年10月，巴厘岛库塔海滩的两个夜总会同时发生爆炸，造成200多人死亡，300多人受伤。
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